ね？
一つの遺伝子で書いただけだから大きなことは言えないけど、なかなか妥当でしょ？
きちんとした系統樹を書きたい場合は100とか200とかの遺伝子を比べるんです。
ただ、今回は自分達で決めた遺伝子配列が今まで知られている種の分類と比較して妥当であるかどうかが知りたいだけなのでこの方法を用いました。
昨日あった研究室内の暫定版発表会では、先生に「なかなかよくまとまってるよ。流れも問題ないし、完成度高いほうじゃない？」と言ってもらえました。
他の研究室の人の話を聞いたら、比べ物にならないくらい研究の厚みが違いましたが、それでも嬉しいものは嬉しいですよね（＾−＾）
あ、あくまでイメージね。今適当に書いたから（笑）
さて。
これだけ違えば、中学生の知識でも書けると思うけど。
同じハマダラカの中ですからねねぇ。
そう簡単にはいきません。
今日は今回私たちが使った遺伝子と同じ遺伝子について、いろんなハマダラカのデータを集めました。
明日はこれを使って系統樹を書きます（＾－＾）
１。ソロモン諸島においてのハマダラカの分布
２。ソロモン諸島のハマダラカの薬剤耐性遺伝子の解析
のうち、１を先日紹介しました。
今日は２のテーマをご紹介しましょう☆
まず、ＶＧＳＣという遺伝子に変異が起こると薬剤耐性になります。
でも、ソロモンにいるハマダラカのＶＧＳＣの配列は分かっていませんでしたから、その決定からです。
このblogにも書きましたが感染研でfarauti 1の配列は解析できました。
ところが、大学に戻ってから実験を進めるうちに、farauti 1以外に、farauti 2が沢山、他のハマダラカが数匹、今までの論文にはないもの（新種か？！暫定的にtatsukoと命名）が16匹出ました。
後から出てきた他のものの配列も分かっていません。
結局他も配列決定からやり、
farauti 1、farauti 2、tatsukoの配列を決定することが出来ました☆
残念ながら（ソロモンの方々にとっては嬉しい事実ですよね）、本来の目的であった薬剤耐性はありませんでした。
でも、今まで配列が分かっていなかったものが分かったということで、論文に書くことが出来るそうです。
１。のテーマで出た興味深いデータと合わせて、一つの論文にする予定でいます♪
配列決定と一言で言っても、簡単ではないんです。
ＤＮＡを読むのは、本を読むのとは訳が違いますからねぇ（笑）
まずはDNAを増やします。配列が分からないからそれを知りたいのに、配列の短い一部（プライマー）を使って増やす、というなんとも矛盾した行程です（笑）
私たちは今回、他のハマダラカの配列やイエカ（その辺にいる蚊）の配列から推測して、プライマーを作りました。
10種類、25この組み合わせを試したところ、当たりがありました。
それを元に、以前の日記のように配列を読みます。（配列を読むことをシークエンスといいます。）
とにもかくにも、今まで分かっていなかった遺伝子配列を何種類も決めることが出来、論文になるのなら、素敵なことです♪
私たちは今の所、
１。ソロモン諸島においてのハマダラカの分布
２。ソロモン諸島のハマダラカの薬剤耐性遺伝子の解析
という２本柱で、それぞれをそれぞれが発表、という形を取ります。
それが、中々面白い結果になっていまして♪
今日は１のテーマをご紹介しましょう☆
ハマダラカには何種類もあります。
なんと、日本にだってハマダラカはいるんですよー！！
そして、ソロモンにいるのはfarautiというもの。
今回の調査で出たのはfarauti 1とfarauti 2がメイン。
あと、他のハマダラカが数匹、今までの論文にはないもの（新種か？！暫定的にtatsukoと命名）が16匹。
実はハマダラカには人好きと人嫌いがいて、マラリアには当然ながら人好きタイプの方が重要です。
farauti 1は人が大好き。farauti 2は人が好きじゃない。牛とか他の動物をさします。
島によって、場所によって、ハマダラカの種類が全然違うんですよね。
飛行場の周りでは他の島にいるタイプが混ざっていたり。
マラリアの感染率が高いところでは、farauti 1ばっかりだったり。
これだけで考察出来ることは山のよう。
さらに、新種というか、まだ分からないものまでいて、面白いことこの上なしです☆
今、Solomonで採取して来た蚊を解析してます。
その中の１つに、種類の決定をする為の実験があります。
その実験結果で、私たちが今回使っている実験方法を作った人の論文にはないような変なのが出たんです。
全く新しい種類を発見してしまった、または、実験をどこかで失敗している、どちらかです。
他の遺伝子を見る実験でも従来の配列を用いて決めた方法では、うまくDNAを増やすことが出来ないので、なんとも言えない状態です。
今日から来週にかけては、その不明な種類（仮に、Anopheles tatsuko、と命名。笑）の種類を決定することに集中していきます。
まぁ、種類が分かれば問題は何もないですが、願わくば新種だといいなぁ♪
今回読みたい配列は1400塩基対。
大体１回で読める量は何百かがいいところです。
だから、左側からと右側からと読まないといけないみたいです。
イメージとしてはこんな感じかなぁ？という予想で実験スタート。
------=======------*-==-*----------
（-がエクソン、=がイントロン、*の部分が今回調べている変異がある可能性のある場所で、この前後のエクソンを含めたDNA配列が絶対に知りたい）
左側から読んだ結果としては、なんとなんとなんと、予想に反して（？）最初のエクソンが短いみたいです。
つまり、実際のイメージは
--=======----------*-==-*----------
という感じです。
イントロンは邪魔ものというか、キレイにDNAが読めないので、現在読めているのは左側の少しだけ。。
あーー。そうですか。そうですか。
さーてねぇ。どうしよ。
読めた部分を使ってもう１回primerを作り直して、もう少しだけ右側から読んでみたら真ん中のエクソンまで読めるかなぁ。
＜手順その２＞
puncturatusという種類（farautiと近い仲間）は離れています。
