系統樹

書けましたよー♪
ひとまず１こ。なんか、先生としては２こ書きたいみたいなんだけど、私はまぁ満足です。
今回の実験が妥当であったことも証明され、嬉しい限りです。

ちなみにこんな感じです。

ね？
一つの遺伝子で書いただけだから大きなことは言えないけど、なかなか妥当でしょ？

きちんとした系統樹を書きたい場合は100とか200とかの遺伝子を比べるんです。
ただ、今回は自分達で決めた遺伝子配列が今まで知られている種の分類と比較して妥当であるかどうかが知りたいだけなのでこの方法を用いました。

昨日あった研究室内の暫定版発表会では、先生に「なかなかよくまとまってるよ。流れも問題ないし、完成度高いほうじゃない？」と言ってもらえました。
他の研究室の人の話を聞いたら、比べ物にならないくらい研究の厚みが違いましたが、それでも嬉しいものは嬉しいですよね（＾−＾）

抄録

今日はフリセメの抄録の提出期限でした。
私たちは、抄録の期限・ポスターの期限・レポート（論文）の期限の３つがあります。
今日はその１つめだった訳です。

私は先週から系統樹だったり、いろんな考察を書く為に必死な訳です。　かつ！
秋に、研究室の留学生（日本語できない）と、私の発表とかまとめを英語で頑張ってみるね、っていう約束をしてたんですよ（笑）

抄録の締め切りは今日の17：00。
えぇえぇ。そんな状態の私は全く間に合わず。
提出したのは18：30（笑）
英語は留学生に直してもらったし、まぁまぁな出来なはず。


ちなみに。
抄録＝Abstract
つまりは、今回の研究の要約を出せ、っていう意味です。
みんなまだ実験があったり、考察とかも途中だったりで、要約って言っても以前書いた様な論文の最初に書くAbstractと比べればかなり適当なものですけどね。

系統樹

今、ハマダラカの系統樹を作成しようと頑張っています。




＜系統樹とは＞
生物の種がお互いにどのようなキョリにあるのか、っていうことが分かるように木の様に枝分かれをして書いていくもの。
だから、例えば、ヒトと牛と蚊とハエと鳩とからすと鮭だったら、こんな感じ。

あ、あくまでイメージね。今適当に書いたから（笑）


さて。
これだけ違えば、中学生の知識でも書けると思うけど。

同じハマダラカの中ですからねねぇ。
そう簡単にはいきません。

今日は今回私たちが使った遺伝子と同じ遺伝子について、いろんなハマダラカのデータを集めました。
明日はこれを使って系統樹を書きます（＾－＾）

PA

PA= patient assesment
目の前で苦しんでいる患者さんの状態を評価していく過程のこと。

今日はこのPAを勉強してきました。
簡単なようで意外と難しいですねぇ。

聞き方一つで得られる情報が全く違うっていうことも学びました。

PAの過程
① Sence Sense-up
・周囲の安全確認　　　　　　　　　　自分を守るために。
・感染防御　　　　　　　　　　　　　　 同じく自分を守るために。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　助ける側の安全も大事です。
・傷病者数の確認　　　　　　　　　　一番ひどい人が目立つけど、
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　実は軽症な人がいるかも。
・受傷機転の確認　　　　　　　　　　同じことが救助者に起こる可能性が。
・今ある器材の確認、応援要請　　何があって、何が足りないのか。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　警察や救急車の要請は？

②Initial Assesment
・第一印象　　　　　　　　　いい人そう、とかではなく（笑）
　　　　　　　　　　　　　　　 痛そう、苦しそう、など。ぱっと見の情報。
・意識の確認　　　　　　　 話しかけてみて、どれくらいはっきりしているか。
　　　　　　　　　　　　　　　 また、しゃべれる＝気道確保が出来ている、
　　　　　　　　　　　　　　　 なので、まず話しかけます。
・ABC　　　　　　　　　　　　A=airway,B=breathing, C=circulation。
何事の基本です。 生きているために必須だから。

③内因性か外因性かにより
・身体所見　　　　　　　　　　　　　　　　　　
　　　　　頭から足の先まで、状態を悪化させないように。でも、確実に。
・Vital Sign
　　　　　血圧とか。脈とか。satulation（酸素飽和度）とか。体温とか。
・病歴聴取（SAMPLE,OPQRST）　　　　
　　　　　SAMPLE＝病歴聴取。
　　　　　 　S=sign 症状　
　　　　　　 A=allergy アレルギーの有無
　　　　　　 M=medication 今通院しているか。飲んでいる薬は？
　　　　　　 P=past history 既往歴。今までの病気・手術。
　　　　　　 L=last intake 最後にいつ何を飲食したか。
E=event　出来事。何が起きたのか。
　　　　　OPQRST=痛みの評価
　　　　　　 O=onset 起こったときの様子。
　　　　　　 P=position 楽な姿勢ありますか？起き上がれますか？
Q=quality どんな痛みか。刺すようなとか焼けるようなとか。
R=radiaton どこが痛いですか？他に痛い所はありますか。
S=severity 一番痛かったときを10として、今はどれくらいか。
　　　　　　 T=time 痛み出してから今までの痛みの変化。



とまぁ、ゴロは全て英語なんですよねぇ（笑）
そして、聞き方一つで得られる情報が違うってことも学びました。
例えば、L=last intake。最後にいつ何を食べましたか？って聞いてしまいがちだけど、ダメなんだって。だってね、極端な話、食事は４時間前にサンドイッチを、って言われても、20分前にコーヒーをがぶ飲みしてることだってある訳で。そしたら、はいてしまう可能性だってある訳で。
ね？

聞けなかったのか、本当にnegative（そうではないっていう情報・所見のこと）なのかの違いをきちんとできないとね。
来年からの実習は頑張ろうねー、はやたまさん♪

英語論文

今日はレポート（論文？）の第一稿を先生に提出してきました。
とは言っても、まだまだなんですけどね。まぁ、第一稿ですから。

論文の書き方には決まりがあります。

Abstract
　　抄録。研究の要約です。半ページ程度だけど意外に大事。
　　論文検索するときとかはこれだけをサササーと読んで必要不要を判断したり。
Introduction
　　導入。今回の研究の背景だったり、どうして研究をするに至ったかなど。
Materials and Methods (略してM＆M)
　　材料と方法。どういうものを使って、どうやって実験をしたのか。
Results
　　結果。どういう結果であったか。表とか図とかを利用して分かり易く端的に。
Discussion, Conclusion
　　こういう発見をしました。今まで世間ではこういう風に言われてました。
　　我々は今回の結果をこう解釈します。だから結局こうなんです。
　　この研究はこういう限界があります。将来に向けての展望。
Acknowledgement
　　謝辞。だれそれに感謝しています。
Reference
　　参考文献。20以上が目安。


という訳で。
英語で書いてみたものの。
うむ。………；；

説明を見ても分かるとおり、Discussion って大事です。
だけど、とっても短く終わってしまったんです。
まぁ、これから何回も修正をしていくしかありませんね。
気長にやろーっと。

JATEC

昨日と今日は救急の勉強会がTESSO主催でありました。
模擬患者とか実際の画像とかを使いつつ、外傷の患者さんが救急車で運ばれてきてERでの初期診療をやる、というもの。
全国から学生が来てくれてて、みんなすごくて沢山勉強になりました。


さらに、”デモ”と言って、スタッフがDemonstrationつまりは見本（？）みたいなのをやるんですけど、見てて鳥肌が立ちました。

若い男性がバイクの単独事故を起こして、119番通報があって、救急隊に連絡が行くところから始まり、現場での処置、病院への連絡と搬送（ここまでがJPTECと呼ばれる、救急救命士の行程）、病院に着いた後に素早く的確に判断して処置をしていくところ、初期診療まで。

すごいものを見たときに鳥肌が立つってこういうことなんだ、って感じです。
これは実際に見ていないと絶対に実感なんて出来ないと思うけど、本当にすごいです。
本物の救急救命士の卵と、本物の医者の卵がやっていて、本物そっくりな訳です。
１学年しか違わないのに。あんなに出来てて。
もう、どう説明していいかわかりませんが、すごいです。

写真を見て少しでも雰囲気をつかんでもらえれば嬉しいです。
救急隊が現場で外傷の患者を救急車に乗せるまでの実演中。病院に搬入中。ERの部屋に着くまでに患者さんの状態をぱっと一瞬で確認します。
なぜか医者とナースが笑っているのは、患者さんの名前を聞いたら、自分の名前じゃなくて、同級生の名前を言ったので（笑）
病院での診察の途中。
エコーをあててお腹の中の出血を確認します。

ちなみにこちらは、医者と看護婦（医学生）と救急隊（救急救命士の学生）の役の人と撮ってもらった写真です（笑）
写真撮影を見てた他の人に、「コスプレな人たちみたい（笑）」と言われてしまいました（笑）


さらに、全国のあちらこちらの大学の人とお話ししたり、友達になったり出来て楽しかったです♪
関東のいろんな大学でやっているものや全国の学生が集まってやっているものに参加しようかなって思ってみたり。運よく、どちらも今回は都内でやるそうだし！
後は、今度１回阪大の講習会に行こうかなって思ったり。何でも、関西は乗りが面白くて、かなり楽しいそうなので、１回でもいいから行ってみなよー、っていろんな大学の人が薦めてくれたので。

仲良い３年生何人かが行く予定らしいので、それにくっついて一緒に行ってみようかと思います。

すごいなぁすごいなぁすごいなぁって思うけど、私だってもっと頑張らないとね。
まずは、半年の実験生活で鈍りに鈍ってボケた頭を、医学モードに直していかなくては！
教科書でも読み直してみようかなぁ。

中間報告 その２

私たちのテーマ、

１。ソロモン諸島においてのハマダラカの分布
２。ソロモン諸島のハマダラカの薬剤耐性遺伝子の解析

のうち、１を先日紹介しました。
今日は２のテーマをご紹介しましょう☆

まず、ＶＧＳＣという遺伝子に変異が起こると薬剤耐性になります。
でも、ソロモンにいるハマダラカのＶＧＳＣの配列は分かっていませんでしたから、その決定からです。

このblogにも書きましたが感染研でfarauti 1の配列は解析できました。

ところが、大学に戻ってから実験を進めるうちに、farauti 1以外に、farauti 2が沢山、他のハマダラカが数匹、今までの論文にはないもの（新種か？！暫定的にtatsukoと命名）が16匹出ました。

後から出てきた他のものの配列も分かっていません。

結局他も配列決定からやり、
farauti 1、farauti 2、tatsukoの配列を決定することが出来ました☆

残念ながら（ソロモンの方々にとっては嬉しい事実ですよね）、本来の目的であった薬剤耐性はありませんでした。

でも、今まで配列が分かっていなかったものが分かったということで、論文に書くことが出来るそうです。
１。のテーマで出た興味深いデータと合わせて、一つの論文にする予定でいます♪

配列決定と一言で言っても、簡単ではないんです。
ＤＮＡを読むのは、本を読むのとは訳が違いますからねぇ（笑）

まずはDNAを増やします。配列が分からないからそれを知りたいのに、配列の短い一部（プライマー）を使って増やす、というなんとも矛盾した行程です（笑）

私たちは今回、他のハマダラカの配列やイエカ（その辺にいる蚊）の配列から推測して、プライマーを作りました。
10種類、25この組み合わせを試したところ、当たりがありました。

それを元に、以前の日記のように配列を読みます。（配列を読むことをシークエンスといいます。）

とにもかくにも、今まで分かっていなかった遺伝子配列を何種類も決めることが出来、論文になるのなら、素敵なことです♪